Cole, al traer la paz a Empire City elimina toda amenaza critica, por lo que mejora y se recupera la ciudad; pero un mes después conoce a Lucy Kuo una agente de la NSA quien le informa de los estudios del doctor Sebastian Wolfe, después se abre un agujero en el cielo del cual sale la bestia la criatura que Cole tiene que detener a toda costa, Cole se siente preparado para enfrentar a la bestia, pero esta tiene un poder muy elevado, lo cual los hace huir hacia New Marais para obtener poder por medio del doctor Wolfe, cuando llegan se encuentran con gente que no acepta las mutaciones de los conductores discriminándolos y asesinándolos, se hacen llamar la milicía.

Tendrás que abrirte paso entre ellos, por lo cual se da la opción buena recargar el generador para bajar el puente o la opción malvada de sobrecargar el generador y explotar el pueblo y a los militares, pero también habrán civiles que morirán.

La trama se basa en encontrar fragmentos explosivos para poder accionar el ICR y poder destruir la plaga y a la bestia.